Στο Γυµνάσιο - Λύκειο το πρόγραµµα των Εκπαιδευτηρίων αποσκοπεί στο ν’ ανταποκριθούν οι µαθητές του στις υψηλές απαιτήσεις του σχολείου και στοχεύει στο να τους καταστήσει πρωταγωνιστές στην προσπάθεια εισαγωγής στα ανώτατα και ανώτερα εκπαιδευτικά ιδρύµατα της Ελλάδας και του εξωτερικού αλλά και στο πολιτιστικό και κοινωνικό γίγνεσθαι.

Η επιτυχία αυτή οφείλεται:

• Στην οργάνωση (διεύθυνση, υπεύθυνος πολιτιστικών προγραµµάτων, υπεύθυνοι ειδικότητας, συντονιστές µαθηµάτων, σύµβουλοι τάξεων)
• Στο άριστα επιλεγµένο διδακτικό προσωπικό
• Στις καινοτόµες µεθόδους διδασκαλίας 
• Στο συνεχή εµπλουτισµό της υλικοτεχνικής υποδοµής (διαδραστικοί πίνακες, ψηφιακή τάξη, ηλεκτρονική πλατφόρµα επικοινωνίας)
• Στην υποχρεωτική διδασκαλία δύο ξένων γλωσσών, της Αγγλικής, της Γερµανικής της Γαλλικής ή της Ιταλικής
• Στις επιπλέον ώρες προετοιµασίας (παρεκκλίσεις - φροντιστηριακές) για την εισαγωγή στα Πανεπιστήµια της Ελλάδας
• Στις φροντιστηριακές ώρες διδασκαλίας νέων Ελληνικών, αρχ. Ελληνικών, µαθηµατικών, φυσικής, χηµείας, βιολογίας, ξένων γλωσσών, πληροφορικής και σχεδίου
• Στην εντατική προετοιµασία για την εισαγωγή στα πανεπιστήµια του εξωτερικού (SAT I, SAT II, TOEFL, IELTS)
• Στην έκδοση βοηθητικών βιβλίων γραµµένων από επίλεκτους εκπαιδευτικούς των Εκπαιδευτηρίων
• Στη διεξαγωγή συχνών διαγωνισµάτων
• Στις εργαστηριακές ασκήσεις κυρίως στη φυσική, τη χηµεία, τη βιολογία και την πληροφορική
• Στη συµµετοχή σε διεθνή συνέδρια και διαγωνισµούς τόσο του Υπουργείου Παιδείας όσο και άλλων φορέων
• Στις πολιτιστικές και αθλητικές δραστηριότητες και εξορµήσεις 
• Στα πρωτοποριακά προγράµµατα λογοτεχνίας, κινηµατογράφου, περιβάλλοντος, κοινωνικής προσφοράς.  

Η εισαγωγή στο Γυµνάσιο και Λύκειο γίνεται µε γραπτές εξετάσεις στα Ελληνικά και µαθηµατικά και µε προφορική συνέντευξη. Χορηγούνται υποτροφίες, ανάλογα µε την επίδοση και την οικονοµική κατάσταση των µαθητών.

Τα Εκπαιδευτήρια Μαντουλίδη, πέρα από τα αριστεία και βραβεία που απονέµονται από την ελληνική πολιτεία, έχουν καθιερώσει και τις εξής διακρίσεις για τους µαθητές:

• Καλύτερης Γενικής Επίδοσης
• Καλύτερης Επίδοσης στα Θεωρητικά και Θετικά Μαθήµατα
• Καλύτερης Επίδοσης στις Ξένες Γλώσσες
• Καλύτερης Επίδοσης στον Αθλητισµό
• Καλύτερης Επίδοσης στην Καλλιτεχνική Δηµιουργία
• Καλύτερης Επίδοσης στους Οµίλους (clubs)
• Ήθους.